Sie ist die wichtigste an Bord. Jeder Deutsche darf auf seinem Schiff ausschließlich die Bundesflagge (schwarz-rot-gold) als Nationalflagge tagsüber am Heck führen. 
Auf Seeschifffahrtsstraßen, Küstengewässern, auf See und im Ausland muss er als Nationalflagge die Bundesflagge führen.

Eine gechartertes Schiff führt die Nationalflagge des Eigners. Bei Charterbooten im Ausland dürfen Charterer deutscher Staatsangehörigkeit im Ausnahmefall die Nationalflagge unter der Backbordsaling fahren, wenn die politische Situation des Gastlandes dies zweckdienlich erscheinen läßt. 

Der ideale Platz aller Nationalen ist ein mit 40 Grad geneigter Flaggenstock mittschiffs am Heck. Sollte mittschiffs kein Platz sein, weicht man nach Steuerbord aus. Eine Anbringung backbordseitig ist unüblich. Segelyachten können die "Nationale" auch im Masttopp des Besans führen. 

Andere Flaggen, wie Europaflaggen, Piratenflaggen und Verbandsflaggen haben am Heck nichts zu suchen. Die "Nationale" weht nie unter einer anderen Flagge, es sei denn das Schiff wurde durch ein anderes Land gekapert. Das Führen der Bundesdienstflagge ist nur Behördenschiffen erlaubt. Nach dem Flaggenrechtsgesetz (FlaggRG) kann eine Ordnungswidrigkeit mit einer Geldbuße bis zu fünftausend Euro geahndet werden.

Nationalflaggen sollten bei Nacht eingeholt werden !
 

Sehr sensibel sollte man bei Auslandtörns die Frage der Gastlandflagge behandeln. Üblich ist es, die Nationale des Gastlandes zu zeigen, nicht jedoch die Flaggen zuvor besuchter Länder. Die Gastlandflagge sollte grundsätzlich höher an einem Mast wehen als die eigene Nationale. Optimal ist der Platz an der Saling (Querstange am Mast) auf der Steuerbordseite. Wenn diese Anbringung nicht möglich ist, gelten als Ausweichmöglichkeiten: steuerbordseitig am Geräteträger oder als Flagge die an einem eigenen Flaggenstock am Bug gefahren wird.

Auf keinen Fall sollte die Bundesflagge über der Gastlandflagge geführt werden. Wenn eine Gastlandflagge an der Steuerbordsaling gesetzt ist, weht sie dort allein. Nur drei Ausnahmen sind möglich:
1. an dem Tag, wenn man von einer Reise durch mehrere Länder wieder Heimatgewässer einläuft und
2. am Tag des feierlichen Abfahrens,
3. wenn ein Grenzfluss zwischen zwei Staaten befahren wird, können zwei Gastlandflaggen übereinander geführt werden.
 

Mitglieder eines Verbandsvereins, z.B. DMYV, führen im Inland die Verbandsflagge unter der Steuerbordsaling, im Ausland weicht sie der Gastlandflagge und geht auf die Backbordseite.
 

Dieser liefert ein wichtiges Indiz für die Herkunft von Boot und Eigner. Er weht am höchsten Punkt des Schiffes, also im Masttopp. Auch am Bugstock kann der Clubstander gefahren werden. Hier hat im Ausland die Gastlandflagge Vorrang. Der Vereins-/Clubstander weht Tag und Nacht, auch wenn die Besatzung nicht an Bord ist.
 

Alle Flaggen werden, bis auf den Vereinsstander, vom 1.5. bis 30.9 des Jahres von 8 Uhr morgens, in den überigen Monaten von 9 Uhr morgens bis Sonnenuntergang, gesetzt. Eine Crew die sich zu diesen Zeiten nicht an Bord befindet, holt die Flaggen vor Verlassen des Schiffes ein.
 

Bei festlichen Anlässen flaggen alle Yachten im Hafen oder in Fahrt über die Toppen. Dafür dürfen nur Signalflaggen verwendet werden, und zwar abwechselnd 2 rechteckige Buchstabenflaggen und ein dreieckiger Zahlenwimpel. Geflaggt wird vom Bug über den Mast zum Heck.
 

Der Flaggengruß war früher streng geregelt, er hat heute fast keine Bedeutung mehr. Ganz korrekt wurde er durch "Dippen" der Nationale ausgeführt. Dazu nahm zuerst das grüßende Schiff seine Nationale halb nieder und wartete, bis das begrüßte Schiff seine Nationale halb nieder und wieder aufgeholt hatte. Dann hißte das grüßende Schiff seine Nationale.

Geregelt war natürlich auch, wer wen zuerst zu grüßen hatte. Kriegsschiffe mußten von jedem zuerst gegrüßt werden. Weiterhin grüßte das auslaufende Schiff zuerst das einlaufende, das überholende zuerst das überholte und das fahrende zuerst das liegende.

Das Dippen der Nationale wird heute nur noch gelegentlich gegenüber Schiffen der Bundesmarine, die dann stets korrekt antworten, angewendet. Der Flaggengruß ist freiwillig, die Erwiderung eines Grußes jedoch Pflicht.

Yachten grüßen heute untereinander durch einfaches Handzeichen, die Nationale bleibt dabei stehen.
 

In der Schifffahrt werden, um Nachrichten auf optischem Wege zwischen Schiffen auszutauschen, Signalflaggen verwendet. Die Signalflaggen stellen ein Flaggenalphabet dar. in diesem Flaggenalphabet wird jeder Buchstabe des lateinischen Alphabets durch eine unterschiedlich farbig gestaltete Flagge signalisiert. Des Weiteren existieren Flaggen zur Signalisierung von Ziffern und Sonderflaggen. 

Die meisten Flaggen des Flaggenalphabets besitzen darüberhinaus noch weitere spezielle Bedeutungen, zum Beispiel signalisiert Flagge "A" des internationalen Flaggenalphabets "Taucher unten".